Esercitazione per il corso
"Analisi bioinformatica delle proteine"
dott.M.Ramazzotti, prof. G.Manao

Proteina di interesse: mioglobina

a) Ricerca in banca dati.
    In quale banca dati?            ________________________
    Quante nei hai trovate?         ________________________
    Ne esiste una umana?            ________________________
    Qual'è il suo ID?               ________________________
    
    Sequenza aminoacidica (fasta):
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________

    Sequenza nucleotidica (a blocchi di 9 residui):
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    
b) Cross-references.

    Pattern tipici della famiglia. 
    Database:                       ________________________
    Entries:
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    
    Classificazione biologica:
    ________________________________________________________

    Funzione:
    ________________________________________________________

    Articolo/i più recente che parli/no di lei:
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    
    Review/s sulla sua attività biologica:
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________


d) Ricerca tramite BLAST della proteina trovata.
    Quale BLAST scegli?             ________________________
    E value (default):              ________________________
    Word size (default):            ________________________
    Gap Open (default):             ________________________
    Matrice di sostituzione:        ________________________
    Numero di entry trovate         ________________________
    Numero di entry con E < 10-20   ________________________
    
    Salva un file con tutte le sequenze con E < 10-70
    in formato fasta.

e) Allineamenti multipli di tutte le proteine con E < 10-70.
    Quale programma scegli?         ________________________
    Quale matrice utilizzi?         ________________________
    Gap open (default):             ________________________
    Gap extension (default):        ________________________

f) Gestione del multiallineamento.
    1. Colorazione
    Quale programma scegli?         ________________________
    Genera una immagine e salvala su disco.
    2. Sequenza consenso
    Quale programma scegli?         ________________________
    Sequenza consenso:
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    
g) Una prima analisi.
    1. Confronta la sequenza consenso con i pattern
    trovato in precedenza. Cosa si può dire?
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    
    2. Chiama la proteina di interesse nella banca dati
    Swiss-Prot e osserva le annotazioni sulla funzione dei 
    vari residui che la compongono. Commenti?
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________

h) Predizione della struttura secondaria.
    Quale programma scegli?          _______________________
    Struttura secondaria predetta: 
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________
    ________________________________________________________

i) Struttura tridimensionale.
    Trova la proteina nella banca dati PDB.
    Codice di identificazione:        ______________________
    Scarica il file con la struttura.
    Che programma utilizzi per
    la visualizzazione?               ______________________
    Colora la proteina in base alla struttura secondaria.
    La struttura secondaria predetta 
    in precedenza è corretta?         ______________________
    
    In base alle informazioni raccolte finora rendi evidenti 
    i residui che ritieni importanti per la proteina.