_SKIPNAVIGATION
ITA |
ENG
Cerca nel sito
CercaChi
Servizi online
Dipartimenti
Scuole
Ateneo
Storia e profilo
Statuto e normativa
Organi
Strutture
Piano Strategico di Ateneo
Piano integrato
Piano di uguaglianza di genere
Personale
Organizzazione amministrativa
Bandi di gara e procedure immobiliari
Bilanci
Assicurazione della Qualità
Amministrazione trasparente
Sistema archivistico di ateneo
Privacy policy
Protezione dati
Elezioni
Didattica
Corsi di laurea
Corsi internazionali
Master
Perfezionamento Aggiornamento Formazione continua
Corsi singoli
Ricerca insegnamenti
Segreterie didattiche Scuole
Scuole di specializzazione
Dottorati di ricerca
Istituto Universitario di Studi Superiori dell'Ateneo di Firenze
Digital Learning
Piattaforme e-learning
Formazione insegnanti
Valutazione della didattica
Ricerca
Opportunità di finanziamento
Piano Nazionale Ripresa Resilienza - PNRR
Progetti finanziati
FLORE - Prodotti della ricerca
Scienza aperta in Ateneo
Infrastrutture di ricerca
Qualità e valutazione
Commissione etica
Human Resources Strategy for Researchers
Anagrafe della ricerca
Osservatorio della Ricerca
Assegni di ricerca
Lavora con noi
Terza missione
Trasferimento tecnologico
Career service
Public engagement
Sostenibilità
Internazionalizzazione
Destinazione Unifi
Studenti internazionali
Studenti con protezione internazionale
Corsi internazionali
Erasmus e Mobilità internazionale
Docenti e ricercatori internazionali
Accordi internazionali
Cooperazione allo sviluppo
EUniWell
Iniziative e reti internazionali
Cattedre UNESCO
Centro di eccellenza Jean Monnet
UnifiOrienta
Orientamento in ingresso | Studiare a Firenze
Orientamento in itinere
Orientamento al lavoro - placement
Unifi ti dà il benvenuto
Iscrizioni
TOLC
Immatricolazioni e iscrizioni
Tasse e contributi universitari
Calendario scadenze
Segreterie studenti
Modulistica
FAQ | Come fare per
Manifesto degli studi
Studenti internazionali
Studenti con disabilità o DSA
Esami di stato
Iniziative per esigenze specifiche
Rappresentanza e tutela
Carta Studente della Toscana
Servizi agli studenti
Stage e tirocini
Borse e incentivi
Servizi | Sportelli
Mense e alloggi
Studiare la sera e il sabato
Sedi, trasporti e mobilità
Corsi di lingua
Assicurazioni
Convenzioni
Salute
Vivere l'università
Teatro e musica
Associazioni studentesche
Iniziative studentesche
Servizio Civile
Sport
Mobilità
Biblioteche
UNIFI comunica
Piano di Comunicazione
Immagine coordinata
Store dell'Università di Firenze
Ufficio Stampa
Social Network
UNIFI App
Video live
Agenda
UnifiMagazine
Laboratorio multimediale
URP
Pubblicazioni di Ateneo area download
Rassegna stampa
Personale
Recapiti
Pagina Cercachi
Italiano
Pubblicazioni
Insegnamenti
Marina MACCHIAGODENA
Ruolo attuale:
Ricercatore Legge 240/10 a tempo determinato
SSD:
CHIM/02 - Chimica fisica
Afferenza organizzativa:
Dipartimento di Chimica 'Ugo Schiff' - DICUS
Recapiti
marina.macchiagodena(AT)unifi.it
Marina MACCHIAGODENA
Pubblicazioni
Legenda
Contributo su rivista |
Articolo su libro |
Libro |
Contributo in atti di convegno (proceeding) |
Brevetto |
Curatela |
Altro |
Tesi di Dottorato
Di Paco, Giorgio; Macchiagodena, Marina; Procacci, Piero (2024). Identification of Potential inhibitors of the SARS-CoV-2 NSP13 Helicase via Structure-Based Ligand Design, Molecular Docking and Nonequilibrium Alchemical Simulations. CHEMMEDCHEM, vol. .., pp. 1-10, ISSN:1860-7187
DOI
Casoria, Michele; Macchiagodena, Marina; Rovero, Paolo; Andreini, Claudia; Papini, Anna Maria; Cardini, Gianni; Pagliai, Marco (2024). Upgrading of the general AMBER force field 2 for fluorinated alcohol biosolvents: A validation for water solutions and melittin solvation. JOURNAL OF PEPTIDE SCIENCE, pp. 1-12, ISSN:1099-1387
DOI
Accesso ONLINE all'editore
Macchiagodena, Marina; Pagliai, Marco; Procacci, Piero (2023). NE-RDFE: A protocol and toolkit for computing relative dissociation free energies with GROMACS between dissimilar molecules using bidirectional nonequilibrium dual topology schemes. JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, vol. ..., pp. 1-10, ISSN:1096-987X
DOI
Vettori Irene, Macchiagodena Marina, Bassu Gavino, Fratini Emiliano, Pagliai Marco, Baglioni Piero (2022). From HEMA monomers to poly-HEMA systems simulations. In: XXXVIII Reunión Bienal de la Real Sociedad Española de Química, Granada (Spagna), 27-30/06/2022, Real Sociedad Española de Química, pp. 0-0.
Macchiagodena, Marina; Pagliai, Marco; Procacci, Piero (2022). Characterization of the non-covalent interaction between the PF-07321332 inhibitor and the SARS-CoV-2 main protease. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, vol. 110, pp. 108042-108050, ISSN:1093-3263
DOI
Vettori Irene, Bassu Gavino, Macchiagodena Marina, Fratini Emiliano, Pagliai Marco (2022). Monomeric 2-hydroxyethyl methacrylate (HEMA) and acrylic acid (AA): structural influences on solute-solvent interactions and spectroscopic properties. In: PhD in Chemical Sciences at UniFi - PiCSU Symposium, 19-21/01/2022, Anna Maria Papini, Martina Vizza, Gina Elena Giacomazzo, Saul Santini, Marco Bonechi, Mert Acar, Davide Ranieri, Mariagrazia Lettieri, Debora Pratesi, pp. 0-0.
Macchiagodena, Marina; Bassu, Gavino; Vettori, Irene; Fratini, Emiliano; Procacci, Piero; Pagliai, Marco (2022). 2-Butanol Aqueous Solutions: A Combined Molecular Dynamics and Small/Wide-Angle X-ray Scattering Study. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY. A, MOLECULES, SPECTROSCOPY, KINETICS, ENVIRONMENT, & GENERAL THEORY, vol. 126, pp. 8826-8833, ISSN:1089-5639
DOI
Accesso ONLINE all'editore
Michele Casoria, Paolo Rovero, Cardini Gianni, Marina Macchiagodena, Anna Maria Papini, Claudia Andreini, Marco Pagliai. (2022). From a bioinformatic approach to synthetic conformational peptide epitopes to disclose molecular mechanism of aberrant glucosylation in Multiple Sclerosis. In: 36th European and 12th International Peptide Symposium EPS 2022, Sitges, 28th August to 2nd September 2022, Michal Lebl, pp. 237-240.
Casoria Michele, Rovero Paolo, Cardini Gianni, Macchiagodena Marina, Papini Anna Maria, Andreini Claudia, Pagliai Marco (2022). Molecular Dynamic approach on synthetic conformational peptides to detect epitopes in autoimmune desease.. In: 4th National Congress of Italian Peptide Society, none, pp. 21-21.
Del Frate G.; Macchiagodena M.; Akhunzada M.J.; D'Autilia F.; Catte A.; Bhattacharjee N.; Barone V.; Cardarelli F.; Brancato G. (2022). Probing Liquid-Ordered and Disordered Phases in Lipid Model Membranes: A Combined Theoretical and Spectroscopic Study of a Fluorescent Molecular Rotor. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY. B, CONDENSED MATTER, MATERIALS, SURFACES, INTERFACES & BIOPHYSICAL, vol. 126, pp. 480-491, ISSN:1520-6106
DOI
Vettori Irene, Macchiagodena Marina, Bassu Gavino, Pagliai Marco, Fratini Emiliano, Baglioni Piero (2022). Conformational and solvent effects in structural and spectroscopic properties of 2-hydroxyethyl methacrylate and acrylic acid. JOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS, vol. 360, pp. 0-0, ISSN:0167-7322
DOI
Accesso ONLINE all'editore
Casoria Michele, Rovero Paolo, Cardini Gianni, Macchiagodena Marina, Papini Anna Maria, Andreini Claudia, Pagliai Marco. (2022). From a bioinformatic approach to synthetic conformational peptide epitopes to disclose molecular mechanism of aberrant glucosylation in Multiple Sclerosis. In: workshop DCTC 2022, Florence, 8th April, none, pp. 20-21.
Accesso ONLINE all'editore
Vettori Irene, Macchiagodena Marina, Pagliai Marco, Bassu Gavino, Fratini Emiliano, Baglioni Piero (2022). Water role in hydrogels: from solvent-monomer interactions to water states in poly-HEMA systems. In: WORKSHOP DELLA DIVISIONE DI CHIMICA TEORICA E COMPUTAZIONALE - DCTC 2022, Firenze, 08/04/2022, Divisione di Chimica Teorica e Computazionale, pp. 0-0.
Procacci, Piero; Macchiagodena, Marina (2021). On the NS-DSSB unidirectional estimates in the SAMPL6 SAMPLing challenge. JOURNAL OF COMPUTER-AIDED MOLECULAR DESIGN, pp. 1-11, ISSN:0920-654X
DOI
Accesso ONLINE all'editore
Macchiagodena M.; Karrenbrock M.; Pagliai M.; Procacci P. (2021). Virtual Double-System Single-Box for Absolute Dissociation Free Energy Calculations in GROMACS. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, vol. 61, pp. 5320-5326-53260.1021/acs.jcim.1c00909, ISSN:1549-9596
DOI
Marina Macchiagodena, Maurice Karrenbrock, Marco Pagliai, Guido Guarnieri, Francesco Iannone, Piero Procacci (2021). Nonequilibrium Alchemical Simulations for the Development of Drugs Against Covid-19. In: Marina Macchiagodena, Maurice Karrenbrock, Marco Pagliai, Guido Guarnieri, Francesco Iannone, Piero Procacci. Methods in Pharmacology and Toxicology, pp. 1-41, New York, NY.: Springer Nature.
Accesso ONLINE all'editore
Gellini C.; Macchiagodena M.; Pagliai M. (2021). Adsorption geometry of alizarin on silver nanoparticles: A computational and spectroscopic study. NANOMATERIALS, vol. 11, pp. 860-860, ISSN:2079-4991
DOI
Subak H.; Selvolini G.; Macchiagodena M.; Ozkan-Ariksoysal D.; Pagliai M.; Procacci P.; Marrazza G. (2021). Mycotoxins aptasensing: From molecular docking to electrochemical detection of deoxynivalenol. BIOELECTROCHEMISTRY, vol. 138, pp. 107691-107691, ISSN:1567-5394
DOI
Piero Procacci, Marina Macchiagodena, Marco Pagliai (2021). HPC-DRIVEN HIT-TO-LEAD PROCESS FOR SARS-COV-2 MAIN PROTEASE INHIBITION. In: Piero Procacci, Marina Macchiagodena1,Maurice Karrenbrock2, Marco Pagliai , Guido Guarnieri, Francesco Iannone. ENEA CRESCO in the fight against COVID-19, pp. 32-43, Roma (Italy): ENEA, ISBN:978-88-8286-415-6.
Accesso ONLINE all'editore
Vettori Irene, Bassu Gavino, Macchiagodena Marina, Pagliai Marco, Fratini Emiliano (2021). Hydrogels improvements through freeze-casting and anti-freezing additives. In: ACS Fall 2021, 22-26/08/2021, ACS, pp. 0-0.
Accesso ONLINE all'editore
Macchiagodena M.; Pagliai M.; Procacci P. (2020). Identification of potential binders of the main protease 3CLpro of the COVID-19 via structure-based ligand design and molecular modeling. CHEMICAL PHYSICS LETTERS, vol. 750, pp. 137489-137489, ISSN:0009-2614
DOI
Macchiagodena M.; Pagliai M.; Andreini C.; Rosato A.; Procacci P. (2020). Upgraded AMBER Force Field for Zinc-Binding Residues and Ligands for Predicting Structural Properties and Binding Affinities in Zinc-Proteins. ACS OMEGA, vol. 5, pp. 15301-15310, ISSN:2470-1343
DOI
Procacci P.; Macchiagodena M.; Pagliai M.; Guarnieri G.; Iannone F. (2020). Interaction of hydroxychloroquine with SARS-CoV2 functional proteins using all-atoms non-equilibrium alchemical simulations. CHEMICAL COMMUNICATIONS, vol. 56, pp. 8854-8856, ISSN:1359-7345
DOI
Macchiagodena, Marina; Pagliai, Marco; Karrenbrock, Maurice; Guarnieri, Guido; Iannone, Francesco; Procacci, Piero (2020). Virtual Double-System Single-Box: A Nonequilibrium Alchemical Technique for Absolute Binding Free Energy Calculations: Application to Ligands of the SARS-CoV-2 Main Protease. JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION, vol. .., pp. 1-13, ISSN:1549-9618
DOI
Accesso ONLINE all'editore
MacChiagodena M.; Pagliai M.; Andreini C.; Rosato A.; Procacci P. (2019). Upgrading and Validation of the AMBER Force Field for Histidine and Cysteine Zinc(II)-Binding Residues in Sites with Four Protein Ligands. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, vol. 59, pp. 3803-3816, ISSN:1549-9596
DOI
Accesso ONLINE all'editore
Pagliai M.; Macchiagodena M.; Procacci P.; Cardini G. (2019). Evidence of a Low-High Density Turning Point in Liquid Water at Ordinary Temperature under Pressure: A Molecular Dynamics Study. THE JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS, vol. 10, pp. 6414-6418, ISSN:1948-7185
DOI
Accesso ONLINE all'editore
Giovannini T.; Macchiagodena M.; Ambrosetti M.; Puglisi A.; Lafiosca P.; Lo Gerfo G.; Egidi F.; Cappelli C. (2019). Simulating vertical excitation energies of solvated dyes: From continuum to polarizable discrete modeling. INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY, vol. 119, pp. 0-0, ISSN:0020-7608
DOI
Macchiagodena, Marina; Mancini, Giordano; Pagliai, Marco; Cardini, Gianni; Barone, Vincenzo (2018). New atomistic model of pyrrole with improved liquid state properties and structure. INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY, vol. 118, pp. e25554-e25554, ISSN:0020-7608
DOI
Accesso ONLINE all'editore
Egidi F.; Lo Gerfo G.; Macchiagodena M.; Cappelli C. (2018). On the nature of charge-transfer excitations for molecules in aqueous solution: a polarizable QM/MM study. THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS, vol. 137, pp. 0-0, ISSN:1432-881X
DOI
Macchiagodena, Marina; Del Frate, Gianluca; Brancato, Giuseppe; Chandramouli, Balasubramanian; Mancini, Giordano; Barone, Vincenzo (2017). Computational study of the DPAP molecular rotor in various environments: from force field development to molecular dynamics simulations and spectroscopic calculations. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, vol. 19, pp. 30590-30602, ISSN:1463-9076
DOI
Campetella M.; Macchiagodena M.; Gontrani L.; Kirchner B. (2017). Effect of alkyl chain length in protic ionic liquids: an AIMD perspective. MOLECULAR PHYSICS, vol. 115, pp. 1582-1589, ISSN:0026-8976
DOI
Macchiagodena, Marina; Mancini, Giordano; Pagliai, Marco; Del Frate, Gianluca; Barone, Vincenzo (2017). Fine-tuning of atomic point charges: Classical simulations of pyridine in different environments. CHEMICAL PHYSICS LETTERS, vol. 677, pp. 120-126, ISSN:0009-2614
DOI
Accesso ONLINE all'editore
Macchiagodena, Marina; Mancini, Giordano; Pagliai, Marco; Barone, Vincenzo (2016). Accurate prediction of bulk properties in hydrogen bonded liquids: amides as case studies. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, vol. 18, pp. 25342-25354, ISSN:1463-9076
DOI
Russina O.; Macchiagodena M.; Kirchner B.; Mariani A.; Aoun B.; Russina M.; Caminiti R.; Triolo A. (2015). Association in ethylammonium nitrate-dimethyl sulfoxide mixtures: First structural and dynamical evidences. JOURNAL OF NON-CRYSTALLINE SOLIDS, vol. 407, pp. 333-338, ISSN:0022-3093
DOI
Holloczki O.; Macchiagodena M.; Weber H.; Thomas M.; Brehm M.; Stark A.; Russina O.; Triolo A.; Kirchner B. (2015). Triphilic Ionic-Liquid Mixtures: Fluorinated and Non-fluorinated Aprotic Ionic-Liquid Mixtures. CHEMPHYSCHEM, vol. 16, pp. 3325-3333, ISSN:1439-4235
DOI
Macchiagodena M.; Ramondo F.; Triolo A.; Gontrani L.; Caminiti R. (2012). Liquid structure of 1-ethyl-3-methylimidazolium alkyl sulfates by x-ray scattering and molecular dynamics. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY. B, CONDENSED MATTER, MATERIALS, SURFACES, INTERFACES & BIOPHYSICAL, vol. 116, pp. 13448-13458, ISSN:1520-6106
DOI
Podgorsek A.; MacChiagodena M.; Ramondo F.; Costa Gomes M.F.; Padua A.A.H. (2012). Glycine in 1-butyl-3-methylimidazolium acetate and trifluoroacetate ionic liquids: Effect of fluorination and hydrogen bonding. CHEMPHYSCHEM, vol. 13, pp. 1753-1763, ISSN:1439-4235
DOI
Macchiagodena, Marina; Gontrani, Lorenzo; Ramondo, Fabio; Triolo, Alessandro; Caminiti, Ruggero (2011). Liquid structure of 1-alkyl-3-methylimidazolium-hexafluorophosphates by wide angle x-ray and neutron scattering and molecular dynamics. THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, vol. 134, pp. 144521-1-144521-14, ISSN:0021-9606
DOI
Campanelli, A.R.; Domenicano, A.; MacChiagodena, M.; Ramondo, F. (2011). Electronegativity and resonance parameters from the geometry of monosubstituted benzene rings. STRUCTURAL CHEMISTRY, vol. 22, pp. 1131-1141, ISSN:1040-0400
DOI
Marina MACCHIAGODENA
Insegnamenti relativi all'Anno Accademico
2023-2024
2022-2023
- - -