CV Italiano Breve.
Il/La sottoscritto Duccio Cavalieri, Professore Associato presso il Dipartimento di Biologia dal 1 noembre 2015, Ricercatore Universitario dal 01/01/2004, presso l’Università degli Studi di Firenze, Ricercatore di Prima Fascia e Coordinatore di Dipartimento di Biologia Computazionale del Centro di Ricerca e Innovazione (CRI) della Fondazione Edmund Mach (FEM), San Michele all’Adige, Trento, dal 01/04/2012 al 31/03/2015, essendo entrato in aspettativa senza assegni secondo l’ art. 7 L. 240/30.12.2010. Cavalieri ha mostrato fin da giovane un elevata capacità di reperimento risorse e dinamicità. Ha ottenuto le seguenti borse di studio e contratti di ricerca, dottorato di ricerca in Scienze Genetiche, Università di Pavia: dal 31 ottobre 1994 al 31 ottobre 1997, Post Dottorato, 1997 Dipartimento di Biologia Animale e Genetica “Leo Pardi”, Laboratorio di Mario Polsinelli, Università degli Studi di Firenze. Contratto di Collaborazione Coordinata e Continuativa, Consorzio Catania Ricerche, laboratorio di Patologia Vegetale, Prof, Antonino Catara, dal 8-7-1998 al 9-6-1999. Borsa di Post Dottorato presso l’Organismic and Evolutionary Biology Department, Harvard University, laboratorio di Daniel Hartl, dal 16/10/1999 al 03/09/2001. Cavalieri ha inoltre ricoperto le seguenti posizioni con corrispondenti titoli accademici: Group Leader, capo laboratorio, Harvard Genomics Fellow, Molecular and Cellular Biology Department, Center for Genomics Research, Bauer Labs (Harvard University USA) dal 03/09/2001 al 30/09/2004. Ricercatore nella facoltà di FARMACIA per il SSD BIO/19 dal 29/12/2003 al 30/03/2012. Prof. Aggregato presso l’università degli studi di Firenze dal 01/11/2004 al 10/06/2011.
Nell’ambito della sua attività professionale Cavalieri ha anche avuto esperienza come consulente per le seguenti aziende e istituti di ricerca nel settore delle biotecnologie microbiche e genomica microbica: ArteFir (Barberino V.E., Tuscany, 1996-1998), Bio-SFIR (Bertinoro Emilia, 1997-2001), Consorzio Catania Ricerche (Catania, Sicilia) 1999, e Istituto Tumori di Genova (Genova, Liguria) 2002. Fondazione Edmund Mach (2011-2012), UNIFARM Trento (2013 e 2014).
Altre attività da me svolte sono state attività di valutatore per procedura di valutazione comparativa per la selezione di direttore di dipartimento del CNR, valutazione dell’Unita Sanoublat del centro di eccellenza Genoscope di Parigi per conto dell’AERES (Agenzia di Valutazione della ricerca Francese) e valutazione di progetti scientifici per l’agenzia francese della ricerca, per l’agenzia inglese della ricerca, per l’agenzia di ricerca del lussemburgo e per il ministero dell’università e della ricerca scientifica Italiana.
Cavalieri si è distinto a livello nazionale e internazionale per l’applicazione di metodi di genomica integrata, “Systems Biology”, per lo studio dell'evoluzione dei genomi microbici e delle piante. Il gruppo di cavalieri unisce quindi sia competenze biologiche che bioinformatiche. Cavalieri è stato il primo ad applicare i DNA microarrays allo studio della variabilità in popolazioni di lieviti delle specie Saccharomyces cerevisiae e Saccharomyces bayanus nella risposta allo stress da fonti di azoto e all’esposizione alle basse temperature, l’uso del lievito S. cerevisiae come modello ha consentito la comprensione di meccanismi responsabili dell’evoluzione del genoma di piante e batteri, la scoperta del meccanismo di azione di farmaci antitumorali e di inibitori naturali della crescita, la comprensione delle reti di segnalazione della disponibilità e qualità di nutrienti e del loro ruolo in processi di morfogenesi in procarioti ed eucarioti. Negli anni Cavalieri ha esteso le tecniche bioinformatiche sviluppate e testate nei microorganismi allo studio della regolazione del sistema immune e della genetica e fisiologia del cancro e oggi anche alla genomica evolutiva e funzionale delle piante, raggiungendo risultati fondamentali nello studio della variabilità clonale di Olivo, mappare tratti quantitativi in Arabidopsis e in Melo. Una recente applicazione di marcatori molecolari indirizzati allo studio del DNA mitocondriale e plastidiale, ha consentito di comprendere i processi di domesticazione delle piante da frutto e il loro ruolo nell’evoluzione delle rosacee. Di particolare rilevanza sono stati gli studi sull'interazione fra microorganismi, sistema immunitario e dieta con lo scopo di capire le regole che guidano la tolleranza e la patogenicità di microorganismi. Nell’ambito di questi studi fino dal 2002 Cavalieri ha anche contribuito a sviluppare metodi bioinformatici per analizzare i dati di “omica” nel contesto delle reti metaboliche di trasduzione del segnale, utilizzando bioinformatica e big data screening per la definizione delle loro proprietà bioattive. Recentemente il gruppo di Cavalieri ha avuto l’opportunità di portare contributi fondamentali sull’influenza della dieta sul microbioma, attraverso uno studio in metagenomica di popolazioni africane è ad oggi citato più di 1300 volte. L' attività di ricerca di Cavalieri ha prodotto un totale di 160 pubblicazioni di cui 100 articoli su riviste indicizzate, citate oltre 4300 volte, con un H index rispettivamente di 25 (scopus e ISI) e 31 (Google Scholar).
Pubblicazioni
Peer reviewed Publications
Book Chapters
Publications in ISSN journals of International Conference proceedings
Research awards and fellowships
FUNDED PROJECTS
Metafoodlabs Provincia Autonoma di Trento. PAT (2012-2014) 200.000,00 Eu = 200.000 Eu.
UNIFARM sponsorship of FIRST PhD Fellowship (2012-2015) 50.000 EU-
AdP project (code P1412011I) Provincia Autonoma di Trento. New insights into the biology and ecology of the insects vectors of apple proliferation for the development of sustainable control strategies. WP3: VECTOR – PATHOGEN INTERACTIONS AND SPECIFICITY-150.000 Eu.
ADP project Startup Grant Computational Biology Department 2011-2014: 5.000.000 EU.
JPI EMPADASI EU Network 2014-2015: 150.000 EU.
Previously awarded Projects
Role
Year
PROJECTS IN EUROPE
VI° FP- NUGO Project
Participant
2003-2009
VI° FP –2003-LIFESCIHEALTH-DC-Thera
Co-PI Participant
VII° FP –HEALTH Sybaris
2009-2013
University of Erlangen Research Contract-Bioinformatics
Contractor
2010-2011
TNO-Research contract-Bioinformatics analysis
2010
University of Oxford
University of Njmegen
2011-2013
ASI –ESA
DAMA Mission (Keyser)
2011
PROJECTS OUTSIDE EUROPE
CGR Genomics Fellows Program Startup Grant NIH 2000 Center Grant, Harvard-USA
Co-Proponent-recipient
2000-2004
National Science Foundation Arabidopsis 2010 grant 0313473,Harvard-USA
2006-
NATIONAL PROJECTS
University of Firenze Young Investigator Grant
Proponent
2001-2002
Istituto Toscano Tumori ITT Starting grant
2005
PRIN-MIUR. Min. of University & Science
2007-2009
Istituto Toscano Tumori ITT Research grant
2008
APBRIA-“Use of algae for biofuel production- Min. of Agriculture
2009-2012
Fondazione Tomasello Research grant
2009
Cassa di Risparmio di Firenze Research grant
2011-2012
RESEARCH NETWORKS
NUGO-Nutrigenomics Organization
2003-2011
DC-Thera
Legenda
CURRICULUM VITAE ET STUDIORUM
Duccio Cavalieri, PhD
First name / Surname: Duccio Cavalieri
Address:Via Madonna del Piano 6, 50019 Sesto Fiorentino, Firenze, Italy
E-mail: duccio.cavalieri@unifi.it
website: www.duccioknights.org,
Nationality: Italian
Date of birth: 30.12.1966
Place of birth: Florence, Italy
Gender: Male
Current Position: Associate Professor (SSD BIO/19 General Microbiology) Department of Biology, University of Florence.
Areas of Research: Microbiology, Molecular Ecology, Evolutionary Biology, Genetics and Molecular Biology, Bioinformatics, Systems Biology, Functional Genomics, Immunology.
Education and training
1994-Laurea in Scienze Biologiche (110/110 lode), MSC in Biological Sciences.University of Florence, Italy, Advisor Mario Polsinelli, Enrico Casalone, Claudai Barberio. Master thesis in Molecular Microbiology and Population Genetics.
15/9/1994 al 15/9/1995-Tirocinante- University of Florence, Italy Abilitiazione all'esercizio della professione di Biologo, Advisor Dott.ssa Claudia Barberio (150/150), Genetics andMicrobiology
31/10/1994-4/05/1998. PhD in Genetics and Molecular Biology. PhD School of Genetics University of Pavia Italy Advisor Prof. Alessandro Galizzi, Prof. Mario Polsinelli, Prof. Robert K. Mortimer, Skills aquired: Functional Genomics and Molecular Biology.
08/07/1998 -09/06/1999: Postdoctoral Fellow, Consorzio Catania Ricerche, Università degli studi di Catania, Catania, it. Advisor Prof. Antonino Catara, skills aquired, Genetics and Molecular Biology,
01/07/1999 al 15/9/1999: Postdoctoral Fellow, University of Florence, Italy, Advisor Prof. Mario Polsinelli and Claudia Barberio, skills acquired,Genetics andMicrobiology.
01/10/1999 -01/09/2001: Postdoctoral Fellow, Harvard University, Faculty of Arts and Sciences, Organismic and Evolutionary Biology Department, Cambridge, Boston, MA, USA Advisors Daniel Hartl, Andrew Murray, Rich Losick. Population Genetics, Evolutionary Biology, Systems Biology, Genomics and Bioinformatics.
Previously held Academic Positions
2001-2004. Principal Investigator, Group Leader Yeast Comparative Genomics Group, Faculty Member, Harvard Genomics Fellow, Molecular and Cellular Biology Department, Center for Genomics Research, Bauer Labs (Harvard University USA) 03/09/2001 al 30/09/2004.
2003-2004. Assistant Professor (Ricercatore non confermato SSD BIO/19-Microbiology) Faculty of Parmacy, Department of preclinical and clinical Pharmacology M.Aiazzi Mancini.) 29/12/2003-01/11/2004. Research project: Yeast as a model to study mitochondrial disease, stress response and dietary modulation.
2002-2011. Teaching Activities and courses held to the Faculty of Biotechnology and Pharmacy as Adjunct Professor of Microbiology (Professore Aggregato), Florence University.
2002-2015. Assistant Professor, (Ricercatore confermato-SSD BIO/19 General Microbiology) Department of Clinical and Preclinical Pharmacology 'M. Aiazzi Mancini'.
2012-2015. Department head Department of Computational Biology, Group Leader, Comparative Genomics Unit. Fondazione Edmund Mach, Research and Innovation Centre, Food Quality Nutrition & Health Department, Via E. Mach 1, 38010 S. Michele all’Adige (TN), Italy.
Scientific Interests
Cavalieri has pioneered the application of genomics to population genetics and ecology, producing the first yeast microarrays on the east coast in 2009 while at Harvard.
Cavalieri’s main scientific focus is investigating the evolutionary biology of the fungal “holobiome”, the complex network of symbiotic interactions linking fungi and the host, including immune system regulation. In this perspective Cavalieri’s team has mastered the application of metagenomics and metabolomics to the analysis of community structure, gene content, and function of complex microbial communities in human populations. Cavalieri’s research interests range from nutrigenomics, metagenomics, computational metagenomics and immunology to the study of the molecular determinants of the interaction of fungi and immune system in health and disease. In order to understand the evolutionary forces driving the adaptation of fungi to the host Cavalieri’s lab is also investigating the evolutionary ecology of the ascomycete S.cerevisiae and its wild sanctuaries, including social insects such as wasps, and the role of the fungal cell wall as immune-modulator. These research lines have also led to the development of novel antifungals and discovery of molecules acting as master regulators of the cross talk between the microbe and its host, including immunostimulants and immunosuppressors.
Pubblications
International peer-reviewed (ISI-JCR)
100
Book Chapters, Popular Press, Patents
15
Publications in International Conference proceedings (ISSN journals)
45
Total
160
Cavalieri’s work (orcid.org/0000-0001-6426-5719) has over 4380 citations, with and H index of 31 (Google Scholar) that makes him one of the Top Italian Scientists (TIS) according to VIA Academy. In scopus (Author ID: 7004993603) his work has 2903 citations and an H factor of 25. Cavalieri is also Co-Inventor (45%) of a Patent (PCT 2014) from Fondazione Mach, on the Immunomodulatory potential of plant miRNAs and has pending (25%) a Patent application with Unifi (Bicyclic peptidomimetics for use in the treatment of fungal infections). Cavalieri is also member of the editorial board of BMC Bioinformatics and FEMS Yeast Microbiology, and served as project and center evaluator for the CNR, the University of Padua, the French Agency for research Evauation AERES, the British agency of research (BBSRC), and the Research Agency of Luxemburg.
Twenty Selected Recent Signs of Recognition.