Proteomica sistematica, differenziale, nella diagnostica molecolare. Preparazione dei campioni. Elettroforesi bidimensionale: I e II dimensione. Tecniche ICAT e DIGE. Analisi del gel (MELANIE). 2D-HPLC. Spettrometria di massa: tecniche MALDI/TOF, nano-HPLC/ESI, MS/MS, imaging. Analisi finger-print, ricerca in banca dati. Ulteriori tecniche: -produzione di proteine ricombinanti -caratterizzazione di proteine:
Libri di testo:
Biochimica e biologia molecolare. Wilson e Walker, Raffaello Cortina editore.
Metodologie Biochimiche. Bonaccorsi, Contestabile, Di salvo. Casa editrice Ambrosiana.
Introduction to proteomics. D.C. Liebler. Humana press
Obiettivi Formativi
Conoscenze:
Preparazione campioni, estrazione, purificazione. Chimica delle proteine. Tecniche cromatografiche ed elettroforetiche. Metodi per la produzione di proteine ricombinanti e per lo studio delle proteine.
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Competenze acquisite
Il corso è indirizzato a far acquisire allo studente le capacità per scegliere l’adeguata metodica per poter analizzare il proteoma di vari tipi di cellule. Viene affrontata anche la valutazione critica dei risultati ottenuti.
Capacità acquisite al termine del corso:
Gli studenti avranno la capacità di mettere a punto metodiche per la preparazione di campioni da applicare a gel bidimensionali e di portare avanti un esperimento di 2D -elettroforesi.
Prerequisiti
Corsi vincolanti: biochimica. Laboratorio biologia molecolare e di biochimica.
Corsi raccomandati: biochimica, biochimica cellulare, laboratorio biologia sperimentale, biologia molecolare.
Metodi Didattici
CFU: 6
Numero di ore totali del corso: 150 (= 6 x 25)
Numero di ore per studio personale e altre attività formative di tipo individuale:
Numero di ore relative alle attività in aula:
40 ore di lezione,
Numero di ore relative ad attività di laboratorio (lezioni in laboratorio):
9 ore
Numero di ore relative ad attività di esercitazioni (in laboratorio e in campo):
Numero di ore relative ad attività seminariali:
6 ore
Numero di ore relative ad attività di stage: 0
Numero di ore per prove in itinere: 0
Altre Informazioni
Orario di ricevimento
Mercoledì ore 11-13 e ore 16-18 presso il Dipartimento di Scienze Biochimiche, Viale Morgagni 50.
E’ possibile il ricevimento in altri orari previo appuntamento.
Modalità di verifica apprendimento
Modalità:
colloquio orale
Programma del corso
La bioinformatica applicata allo studio delle proteine.
Struttura primaria (gli aminoacidi, struttura e ruolo funzionale). Struttura secondaria (eliche e foglietti, strutture supersecondarie, motivi, domini). Struttura terziaria (particolari fold proteici) Classificazioni, banche dati proteiche. Peptidi segnale, domini transmembrana e modificazioni post-traduzionali. Predizione della struttura secondaria delle proteine. Struttura terziaria delle proteine: consultazione della banca dati PDB. Predizione della struttura terziaria delle proteine.
Tecniche di base: principi di elettroforesi e western blot, cromatografia, spettroscopia di assorbimento e fluorescenza. Tecniche di analisi di proteine ed enzimi.
La proteomica
Definizioni: proteomica sistematica, differenziale funzionale. Scopi e finalità. Applicazioni nel campo clinico, ambientale, farmacologico.
Metodologie di proteomica classica: Preparazione dei campioni (metodologie e problematiche correlate). La 2D-elettroforesi (isoelettrofocalizzazione, SDS-PAGE, analisi dei risultati, il programma Melanie), La tecnica ICAT e DIGE. La 2D-Chromatography come tecnica separativa. La spettrometria di massa di proteine: principi, strumenti e tecniche (MALDI/TOF, HPLC/ESI/quadrupolo, strumenti ibridi, stumenti di nuova generazione).Recupero delle proteine da gel, il Peptide Mass Fingerprinting, la ricerca in banca dati (Mascot). Identificazione di nuove proteine e di markers. la tecnica dell’Imaging e del Profiling e le loro applicazioni..
Proteomica funzionale (ricerca di interazione tra proteine). Mappature di modificazioni post-traduzionali; analisi delle associazioni proteina-proteina (pull-down, immunoprecipitazione, two hybrid system, il Biacore).