Analisi funzionale di dati high-throughput. Sistemi di integrazione. Applicazioni in genomica, metagenomica, trascrittomica, proteomica e metabolomica. Statistica univariata e multivariata applicata. Analisi di pathway metabolici e di regolazione. Network
funzionali
Alberts et al. BIOLOGIA MOLECOLARE DELLA CELLULA Zanichelli
Romualdi et al. FONDAMENTI DI BIOINFORMATICA - Zanichelli
Materiale di supporto a cura del docente
Obiettivi Formativi
Conoscenze acquisite:
Il corso offre una trattazione dettagliata delle proprietà e delle funzioni delle principali molecole biologiche che mediano processi biologici di base, nonchè le tecniche per la loro determinazione da un punto di vista -omico. Inoltre offre la corretta prospettiva per l'analisi bioinformatica dei processi a livello di sistema utilizzando le più moderne tecniche di indagine.
Competenze acquisite
Lo studente imparerà gli approcci le metodologie più appropriate per lo studio di processi biologici complessi. Inoltre imparerà l'utilizzo della bioinformatica per l'ottenimento e l'integrazione dei dati.
Capacità acquisite
Utilizzo di strumenti bioinformatici per cercare e investigare pathway metabolici e di segnalazione. Conoscenza di bioprocessi fondamentali in organismi diversi.
Prerequisiti
Conoscenze di biochimica, biologia molecolare e biologia cellulare
Metodi Didattici
CFU: 6
Numero di ore totali del corso: 60
Lezioni teoriche: 24 h
Lezioni applicative: 12 h
Laboratorio (computer): 24 h
Altre Informazioni
La frequenza alle pezioni forntali e a quelle di laboratorio è fortemente consigliata. Nella parte di laboratorio verranno elaborati, a titolo esemplicativo, dataset indicati dagli studenti.
Il corso si terrà prevalemtemente nelle aule di informatica del plesso di Sesto Fiorentino. Questa aule sono dotate postazioni sufficienti per tutti gli stidenti, che potranno affrontare in modo personale e individuale le tematiche proposte.
Modalità di verifica apprendimento
L'esame prevede un colloquio orale volto a verificare la padronanza
dei concetti descritti durante il corso e la capacità dello studente di applicare le conoscenze acquisite ad alcuni problemi pratici e sperimentali.
Non sono previste prove intermedie.
Programma del corso
Analisi funzionale di dati high-throughput. Biostatistica (univariata e multivariata). Sistemi di integrazione (geni, trascritti, proteine, metaboliti). Applicazioni in genomica, metagenomica, trascrittomica, proteomica e metabolomica. Over Representation Analysis. Functional Class Scoring. Topology analysis. Ricostruzione metabolica, biomodelli e analysi dei flussi.