Contenuto genico nei genomi di Archei, Batteri ed Eucarioti. Genomica comparata. Evoluzione dei geni. Principi di analisi di genomica funzionale. Trascrittomica comparata. Analisi statistica della variabilità genomica. La genomica ambientale: scoperte ed applicazioni. Sistemi complessi. Biologia dei sistemi. Analisi mediante grafi. Modelli metabolici
A.M. Lesk, Introduction to genomics. Oxford University Press, 2017
Russell. Genetica. Un approccio molecolare. Pearson. 2010
Obiettivi Formativi
Conoscenze: Conoscenze di base ed avanzate di genomica strutturale, comparata e funzionale e di metodi in biologia dei sistemi. Conoscenze dei metodi di analisi dei genomi
Competenze acquisite: Lo studente ha acquisito competenze relative allo studio dei sistemi biologi complessi e ai genomi ed alle tecniche sperimentali e bioinformatiche per la loro indagine
Capacità acquisite al termine del corso: Lo studente e’ in grado di impostare in autonomia un protocollo sperimentale e bioinformatico di analisi di omica e di derivarne le conseguenze biologiche e biotecnologiche.
CFU: 6
Numero di ore totali del corso: 150 (= 6 x 25)
Numero di ore per studio personale e altre attività formative di tipo individuale: 102
Numero di ore relative alle attività in aula: 48
Numero di ore relative ad attività di laboratorio (lezioni in laboratorio):
Numero di ore relative ad attività di esercitazioni (in laboratorio e in campo): 0
Numero di ore relative ad attività seminariali: 0
Numero di ore relative ad attività di stage: 0
Numero di ore per prove in itinere: 0
Altre Informazioni
Orario di ricevimento
Su appuntamento dal lunedì al venerdì
Strumenti a supporto della didattica: Materiale didattico integrativo verrà fornito durante le lezioni e mediante la piattaforma Moodle
Modalità di verifica apprendimento
Verifica delle conoscenze e delle competenze (problem solving) mediante test scritto con domande a risposta chiusa ed aperta della durata di 1 h.
Programma del corso
Introduzione alla biologia dei sistemi. Riduzionismo ed olismo. Network e loro rappresentazioni. Proprietà dei grafi. Complessità e misure. Indice di Shannon. Contenuto genico nei genomi di Archei, Batteri ed Eucarioti. Il DNA ripetuto. I genomi nucleari e degli organelli. Genomica comparata ed evoluzione delle cellule. Il genoma minimo. Evoluzione dei geni. Famiglie geniche. Le strutture genomiche di ordine superiore: le isocore. Evoluzione dell’architettura dei genomi. Principi di analisi di genomica funzionale. Studio dell’espressione genica. Il concetto di gene e la genomica funzionale. Il controllo dell’espressione genica in una visione genomica. Trascrittomica comparata. Modelli metabolici da dati genomici. Analisi statistica della variabilità genomica. La genomica ambientale: scoperte ed applicazioni. Tecniche bioinformatiche per lo studio della struttura e della funzione del genoma. Metodi computazionali in omica integrata